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09-19 

Cancer research丨阿貝西利可改善帕博昔利耐藥的激素受體陽(yáng)性轉(zhuǎn)移性乳腺癌

細(xì)胞周期蛋白依賴激酶-4/6抑制劑（CDK4/6i）與內(nèi)分泌治療（ET）聯(lián)合方案在臨床上適用于激素受體（HR）陽(yáng)性、HER2陰性的轉(zhuǎn)移性乳腺癌患者（MBC）。但該方法的耐藥性仍是限制其臨床應(yīng)用的關(guān)鍵因素。2023年7月2日，來(lái)自德克薩斯大學(xué)安德森癌癥中心的Khandan Keyomarsi老師及團(tuán)隊(duì)成員在Cancer research上發(fā)表了題為“Abemaciclib is effective in palbociclib-resistant hormone receptor-positive metastatic breast cancers”的文章。不同的CDK4/6i的耐藥機(jī)制不同，該研究利用多種帕博昔利耐藥（PR）和阿貝西利耐藥（AR）體外模型、患者來(lái)源的異種移植物（PDX）和來(lái)自CDK4/6i進(jìn)展患者的體外PDX衍生的類器官，借助轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組圖譜探究其在耐藥途徑上的差異，發(fā)現(xiàn)連續(xù)使用這些藥物或針對(duì)其差異通路的改變可以延緩乳腺癌的進(jìn)展，提高患者生存率。研究結(jié)果為臨床試驗(yàn)提供了理論基礎(chǔ)，并在臨床試驗(yàn)上評(píng)估了CDK4/6i治療后給予阿貝西利治療的益處。

09-19 

血清代謝組學(xué)助力肺腺癌早期檢測(cè)和肺結(jié)節(jié)分類

肺癌是一種復(fù)雜的異質(zhì)性惡性腫瘤，肺腺癌（LUAD）是非小細(xì)胞肺癌中最常見(jiàn)的組織學(xué)亞型，約占肺惡性腫瘤的50%。由于缺乏腫瘤特異性生物學(xué)信息，因此，用于LUAD早期診斷和肺結(jié)節(jié)準(zhǔn)確分類的生物標(biāo)志物的需求尚未得到滿足。細(xì)胞水平上，循環(huán)腫瘤細(xì)胞（CTC）可能有助于監(jiān)測(cè)肺癌的進(jìn)展，但CTC的靈敏度僅為70%，并且需要數(shù)小時(shí)的抗體識(shí)別和富集，無(wú)法用于大規(guī)模癌癥篩查。分子水平上，組學(xué)工具為癌癥診斷的臨床決策提供信息并指導(dǎo)精準(zhǔn)醫(yī)療，其中代謝分析更接近疾病表型，可測(cè)量生物活性的最終產(chǎn)物，是檢測(cè)早期癌癥的有前途的工具。2022年12月，上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院婁加陶教授在Advanced Science上發(fā)表了題目為“Integrative Serum Metabolic Fingerprints Based Multi‐Modal Platforms for Lung Adenocarcinoma Early Detection and Pulmonary Nodule Classification”的文章，采用血清代謝組學(xué)分析和多模態(tài)識(shí)別的人工智能策略，實(shí)現(xiàn)了LUAD的早期診斷和肺結(jié)節(jié)的準(zhǔn)確分類。

09-05 

Cancer research | 脂肪酸氧化引起的氧化磷酸化促進(jìn)白血病干細(xì)胞對(duì)寒冷敏感

依賴線粒體氧化磷酸化(OxPhos)的白血病干細(xì)胞(LSC)是開(kāi)發(fā)白血病治療藥物的切入點(diǎn)。脂肪酸氧化(FAO)是一些急性髓系白血病(AML)細(xì)胞，特別是化療耐藥AML細(xì)胞的關(guān)鍵氧化代謝途徑。2023年8月10日，來(lái)自荷蘭格羅寧根大學(xué)醫(yī)學(xué)中心的Jan Jacob Schuringa老師及團(tuán)隊(duì)成員在Cancer research上發(fā)表了題為“Oxidative Phosphorylation Fueled by Fatty Acid Oxidation Sensitizes Leukemic Stem Cells to Cold”的文章，確定了4℃儲(chǔ)存條件，可以通過(guò)膜透化作用選擇性殺死激活了FAO的OxPhos依賴的AML LSCs，而不損害正常的造血干細(xì)胞；相反的是，依賴糖酵解的白血病細(xì)胞具有耐藥性，迫使糖酵解細(xì)胞激活OxPhos代謝使它們對(duì)CKC4敏感。脂質(zhì)組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)分析表明，OxPhos塑造了質(zhì)膜的組成，并在冷敏感細(xì)胞和抗寒細(xì)胞之間引入了22個(gè)脂質(zhì)亞家族的變化。上述發(fā)現(xiàn)表明，體溫下的穩(wěn)態(tài)能量代謝預(yù)先決定了AML LSCs對(duì)低溫的敏感性，這表明冷敏感性可能是潛在的OxPhos生物標(biāo)志物，該結(jié)果可能對(duì)AML治療藥物的開(kāi)發(fā)以及在研究實(shí)驗(yàn)中細(xì)胞的儲(chǔ)存條件具有借鑒意義。

09-05 

膀胱癌患者血清代謝組學(xué)和元素譜分析

膀胱癌(BC)是世界上十大常見(jiàn)癌癥之一，每年每10萬(wàn)人中就有4.16死于膀胱癌，經(jīng)組織病理學(xué)鑒定的尿路上皮癌(UC)占所有BC病例的90%以上，在血吸蟲(chóng)病感染率高的流行地區(qū)，BC患者中大部分為鱗狀細(xì)胞癌(SCC)，患者感染血吸蟲(chóng)后，由SCC轉(zhuǎn)變?yōu)閁C是BC中主要形式，剩余10%包括芳香胺、碳?xì)浠衔铩⑷玖?、一些溶劑和煤焦油感染。BC最常見(jiàn)的癥狀為血尿，BC的主要診斷包括膀胱鏡檢查和尿液細(xì)胞學(xué)檢查，也可能包括超聲和計(jì)算機(jī)斷層尿路造影，但是膀胱鏡檢查被認(rèn)為是一種侵入性手術(shù)，而尿液細(xì)胞學(xué)的敏感性很低。因此為了減少手術(shù)次數(shù)，有研究者提出由泌尿系標(biāo)志物來(lái)檢測(cè)BC復(fù)發(fā)，尿液標(biāo)記物有較高的敏感性，但特異性低，不如尿液細(xì)胞學(xué)的準(zhǔn)確性高，所以標(biāo)志物檢測(cè)還沒(méi)有被納入有關(guān)BC診斷和監(jiān)測(cè)的臨床指南。因此，開(kāi)創(chuàng)一個(gè)具有高靈敏度、特異性和低成本的無(wú)創(chuàng)方法監(jiān)測(cè)早期BC十分重要。2022年12月波蘭約翰·保羅二世醫(yī)院泌尿科等研究團(tuán)隊(duì)在Journal of Pharmaceutical Analysis雜志在線發(fā)表了題為 “Metabolomic and elemental profiling of blood serum in bladder cancer”的研究論文。作者對(duì)100名BC患者和100名健康對(duì)照（NC）的200個(gè)血清樣本的靶向和非靶向代謝組學(xué)分析。作者闡明了BC引起的代謝和元素變化，特別關(guān)注BC的分期和分級(jí)，利用1HNMR、ICP-OES和LDI-MS進(jìn)行分析，相關(guān)數(shù)據(jù)通過(guò)多變量和單變量統(tǒng)計(jì)分析進(jìn)行穩(wěn)健驗(yàn)證后發(fā)現(xiàn)血清代謝物譜和元素的差異可以幫助識(shí)別BC患者與正常患者，在不同分期和分級(jí)的BC之間具有顯著的鑒別能力。

09-05 

Cancer research | ONC201聯(lián)合Paxalisib治療H3K27改變的彌漫性中線膠質(zhì)瘤

彌漫性中線膠質(zhì)瘤（DMG），包括彌漫性內(nèi)源性腦橋膠質(zhì)瘤（DIPG）是兒童時(shí)期最致命的腫瘤癌癥。緩和性放療是唯一確定的治療方法，患者中位生存期在9-11個(gè)月。ONC201在DMG臨床前研究中顯示出良好的療效，然而，DIPGs對(duì)ONC201治療的反應(yīng)機(jī)制還需進(jìn)一步探究。2023年5月5日，來(lái)自澳大利亞新南威爾士州紐卡斯?fàn)柎髮W(xué)的Matthew D. Dun老師及團(tuán)隊(duì)成員，利用系統(tǒng)生物學(xué)結(jié)合定量蛋白質(zhì)組學(xué)方法，發(fā)現(xiàn)了ONC201具有激發(fā)線粒體蛋白酶ClpP的作用，可驅(qū)動(dòng)電子傳遞鏈和三羧酸循環(huán)蛋白的水解。攜帶PIK3CA突變的DIPGs對(duì)ONC201的敏感性增加，而攜帶TP53突變的則更具抗性。氧化還原激活的PI3K/Akt信號(hào)促進(jìn)了代謝適應(yīng)性，降低了對(duì)ONC201的敏感性，但paxalisib可抵消其作用。上述發(fā)現(xiàn)與ONC201和paxalisib強(qiáng)大的抗DIPG/DMG藥物代謝動(dòng)力學(xué)和藥物動(dòng)力學(xué)特性相結(jié)合，為正在進(jìn)行的DIPG/DMG II期聯(lián)合臨床試驗(yàn)NCT05009992提供了理論基礎(chǔ)。

08-07 

Nature Communications| 肺癌早期診斷的血液蛋白質(zhì)組學(xué)

肺癌是全球癌癥死亡的主要原因。5年生存率為20%，但早期（1-2期）生存率為60%，晚期（4期）生存率為6%。2013年至2016年，美國(guó)癌癥死亡率每年下降6%。這種改善歸因于早期和晚期癌癥患者的診斷和治療的進(jìn)步。通過(guò)改進(jìn)手術(shù)技術(shù)、立體定向放射治療（SBRT）和輔助化療，可以改善早期患者的預(yù)后。而局部晚期疾病患者受益于放射化療、輔助免疫治療和新輔助免疫檢查點(diǎn)抑制劑（ICIs）的引入。然而，大多數(shù)癌癥患者確診時(shí)已經(jīng)為晚期患者，雖然靶向治療結(jié)合免疫治療可以提高了短期生存率，但很難達(dá)到治療的目的。盡管癌癥治療取得了進(jìn)展，但早期檢測(cè)是提高長(zhǎng)期生存率的最有希望的策略。使用低劑量計(jì)算機(jī)斷層掃描（LDCT）進(jìn)行篩查，有可能大幅增加早期診斷患有疾病的癌癥患者的比例，這些患者可以得到有療效的治療。但仍存在很多問(wèn)題。需要確定可用于早期診斷癌癥生物標(biāo)記物。

08-03 

蛋白質(zhì)組學(xué)助力高級(jí)別漿液性卵巢癌預(yù)后的預(yù)測(cè)

卵巢癌是女性中最致命的癌癥之一，是由具有不同致癌途徑和臨床特征的多種組織學(xué)亞型組成的異質(zhì)性疾病。在卵巢癌的亞型中，高級(jí)別漿液性卵巢癌（HGSOC）是最常見(jiàn)的，具有高發(fā)病率和死亡率。迄今為止，分子譜分析治療可為晚期HGSOC患者帶來(lái)生存希望，而準(zhǔn)確預(yù)測(cè)預(yù)后對(duì)于促進(jìn)基于分子譜分析的HGSOC治療至關(guān)重要，因此，迫切需要用于準(zhǔn)確預(yù)測(cè)HGSOC預(yù)后的方法。2023年3月，韓國(guó)首爾國(guó)立大學(xué)醫(yī)院Dohyun Han教授在Molecular & Cellular Proteomics上發(fā)表了題目為“Proteomic Discovery of Plasma Protein Biomarkers and Development of Models Predicting Prognosis of High-Grade Serous Ovarian Carcinoma”的文章，采用蛋白質(zhì)組學(xué)分析，揭示了HGSOC生物標(biāo)志物并為開(kāi)發(fā)治療靶點(diǎn)提供線索。

07-24 

Nature Communications丨2002例癌癥患者蛋白質(zhì)組學(xué)特征揭示泛癌分子亞型和相關(guān)途徑

基于質(zhì)譜的人類腫瘤蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)——結(jié)合相應(yīng)的多組學(xué)數(shù)據(jù)——為系統(tǒng)性和泛癌蛋白質(zhì)組學(xué)分析提供了機(jī)會(huì)。臨床蛋白質(zhì)組腫瘤分析聯(lián)盟（CPTAC）是國(guó)家癌癥研究所的一項(xiàng)倡議，旨在通過(guò)應(yīng)用基于大規(guī)模質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組學(xué)來(lái)加速對(duì)癌癥分子基礎(chǔ)的理解。CPTAC和其他研究共同在公共領(lǐng)域提供了2000多種人類腫瘤的基于質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)，以及mRNA、拷貝數(shù)和小突變的分子水平的相應(yīng)數(shù)據(jù)。這些數(shù)據(jù)為系統(tǒng)性和泛癌提供了機(jī)會(huì)，利用蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)分析整個(gè)腫瘤隊(duì)列，包括定義與多種癌癥類型相關(guān)的分子亞型和相關(guān)通路。腫瘤蛋白質(zhì)組譜聯(lián)合大規(guī)模泛癌隊(duì)列通過(guò)蛋白質(zhì)組學(xué)分析來(lái)識(shí)別腫瘤譜系的共性和差異。

07-15 

多組學(xué)策略揭示早發(fā)結(jié)直腸癌分子新特征及分型新標(biāo)志

結(jié)直腸癌是全球最常見(jiàn)的消化系統(tǒng)惡性腫瘤之一，其中，50歲以下的早發(fā)結(jié)直腸癌發(fā)病呈逐年上升趨勢(shì)，其嚴(yán)重的疾病負(fù)擔(dān)引起廣泛關(guān)注。雖然肥胖、吸煙和缺乏運(yùn)動(dòng)等風(fēng)險(xiǎn)因素，以及APC、TP53和KRAS驅(qū)動(dòng)基因等分子事件改變均影響早發(fā)和晚發(fā)（50歲以上）結(jié)直腸癌的發(fā)生，但是臨床觀察發(fā)現(xiàn)早發(fā)結(jié)直腸癌更普遍發(fā)生在男性、有炎癥性腸病或結(jié)直腸癌家族史等人群中，并且多發(fā)生在左側(cè)腸道，其分期較晚、病理較差，提示結(jié)直腸的癌變過(guò)程存在明顯的年齡異質(zhì)性。因此，明確早發(fā)結(jié)直腸癌特異的重要環(huán)境風(fēng)險(xiǎn)因素、探明發(fā)病年齡異質(zhì)相關(guān)的關(guān)鍵分子事件及生物標(biāo)志，可以為結(jié)直腸癌的精準(zhǔn)診療和人群預(yù)防提供科學(xué)證據(jù)。目前，癌癥基因組圖譜計(jì)劃和臨床蛋白質(zhì)組腫瘤分析聯(lián)盟基于多組學(xué)方法與策略，詳細(xì)描述了結(jié)直腸癌的分子互作以及分型異質(zhì)等特征。然而，這些研究主要關(guān)注歐洲人群的總體結(jié)直腸癌，仍然缺乏我國(guó)人群早發(fā)結(jié)直腸癌的分子分型及異質(zhì)性研究。2023年3月14日南京醫(yī)科大學(xué)王美林教授及其團(tuán)隊(duì)在cell reports medicine雜志在線發(fā)表了題為 “Integrated multi-omics approach to distinct molecular characterization and classification of early-onset colorectal cancer”的研究論文。作者圍繞早發(fā)結(jié)直腸癌的多組學(xué)特征、致病生物標(biāo)志以及人群風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估開(kāi)展深入研究，通過(guò)全面的多組學(xué)分析和人群異質(zhì)性比較，充分解析了中國(guó)人群早發(fā)結(jié)直腸癌的組學(xué)特征，以及腫瘤免疫表型與人群風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估的生物標(biāo)志，為探討早發(fā)結(jié)直腸癌的致病機(jī)理、精準(zhǔn)藥物開(kāi)發(fā)和診療提供重要應(yīng)用前景。

06-19 

蛋白質(zhì)組學(xué)和代謝組學(xué)分析揭示了穩(wěn)定期慢性阻塞性肺病的生物標(biāo)志物

慢性阻塞性肺疾病(COPD)是一種復(fù)雜的異質(zhì)性疾病，具有高發(fā)病率和死亡率，尤其是在晚期患者中。迄今為止，還沒(méi)有開(kāi)發(fā)出減少疾病進(jìn)展和降低死亡率的療法。因此，迫切需要用于準(zhǔn)確診斷晚期COPD的其他方法。2023年3月11日，廣州醫(yī)科大學(xué)盧文菊教授在Respiratory Research上發(fā)表了題目為“Proteomics and metabolomics profling reveal panels of circulating diagnostic biomarkers and molecular subtypes in stable COPD”的文章，采用蛋白質(zhì)組學(xué)和代謝組學(xué)分析，揭示了COPD生物標(biāo)志物和分子亞型的概況。